Агафонова А. А. «Реализация принципа светского государства в России: современноесостояние и перспективы развития» // Вестник ТГУ. Право 2012. №2 (4) C.5-11
Агафонова А. А. «Порядок образования и условия деятельности религиозных объединений: сравнительно-правовой анализ» // Вестник ТГУ. Право 2011. №1 C.5-12
Исаева А. А. «Конституционный секуляризм в России: поэзия принципов и прозаправоприменения» // Вестник ТГУ. Право 2012. №4 (6) C.43-50
Исаева (Агафонова) А. А. «Свобода религии: международные тенденции и российские перспективы» // Вестник ТГУ. Право 2013. №4(10) C.86-91
Исаева А. А. «Система источников правового регулирования статуса религиозных объединений в Российской Федерации и проблемы регионального законодательства» // Вестник Томского государственного университета 2018. №430 C.180-187
Исаева А. А. «Сравнительно-правовой анализ конституционных прав религиозных объединений» // Вестник Томского государственного университета 2018. №437 C.210-217
Исаева А. А. «Религиозный фактор и обеспечение национальной безопасности в многоконфессиональной жизни российского общества: конституционно-правовое исследование» // Вестник Томского государственного университета 2019. №442 C.226-232